Kvotene fastsettes på grunnlag av råd fra det marine forskningsmiljøet, både nasjonalt (Havforskningsinstituttet) og internasjonalt (Det internasjonale havforskningsrådet, ICES).
Kvotereguleringer foretas for det første gjennom fastsettelse av nasjonale kvoter. Størrelsen på de nasjonale kvotene følger ofte av internasjonale avtaler som inngås med andre kyststater Norge deler bestander med. Mesteparten av ressursene som høstes av den norske fiskeflåten er kvoteregulert med grunnlag i slike avtaler.
Etter havrettskonvensjonen har kyststatene en plikt til å samarbeide om felles forvaltning av viltlevende marine ressurser.
Fordeling til grupper av fartøy og til enkeltfartøy
Kvoter brukes også for å fordele ressursene mellom ulike flåtegrupper, for eksempel mellom havfiskeflåten og kystfiskeflåten, og mellom fartøygrupper som bruker ulike fiskeredskaper. Fordelingen skal ivareta en rekke forskjellige hensyn, slik som hensynet til sysselsetting, bosetting og en optimal utnytting av ressursene.
Gruppekvotene fordeles vanligvis videre på det enkelte fartøy som deltar i fisket. Det er fastsatt fordelingsnøkler i de ulike fiskeriene som bestemmer hvor stor andel av gruppekvoten det enkelte fartøy kan fiske. Disse fordelingsnøklene tar vanligvis utgangspunkt i fartøyenes størrelse, lastekapasitet eller lignende.
Hjemmelslengde
Kvotene til kystfiskefartøy fordeles for eksempel normalt ut fra lengden på det enkelte fartøy. Dette trenger ikke være lengden fartøyet har i dag, men kan være lengden på et bestemt tidspunkt da det ble satt en grense for hvor mange fartøy som får delta i et fiskeri. Dersom fartøyet i ettertid har blitt forlenget eller skiftet ut med et større, vil kvoten likevel bli beregnet etter den lengden fartøyet hadde på tidspunktet da fiskeriet ble lukket. Denne lengden omtales gjerne som fartøyets «hjemmelslengde».
Ett år av gangen
Kvotene fastsettes i reguleringsforskrifter som gjelder for ett år, noe som blant annet henger sammen med at de fleste kvoterådene fra forskningsmiljøene gis for ett år om gangen. Slike forskrifter gis for torsk, hyse, sei, sild, makrell og en rekke andre arter. Det er likevel mange arter som ikke er kvoteregulerte, slik som for eksempel brosme, lange, lyr, lysing, steinbit og taskekrabbe.
Kvoter gis vanligvis som et bestemt kvantum, men kan også gis som et antall individer, fiskedøgn eller lignende.